Em 1824, chegaram os primeiros imigrantes alemães no Rio Grande do Sul. Aos poucos, foram constituindo, em suas colônias, escolas e comunidades religiosas, mas a maioria delas sem pastor. Na Capital, uma comunidade evangélica formalmente estabelecida só tornou-se realidade em 17 de fevereiro de 1856, quando 49 famílias reuniram-se e fundaram a Deutsche Evangelische Gemeinde.

Nessa época, viviam em Porto Alegre cerca de três mil imigrantes e descendentes alemães. Aproximadamente metade deles era evangélico. Como protestantes residentes num império constitucionalmente católico, a eles era permitido praticar o seu credo em cultos domésticos e em prédios sem identificação exterior como templo. As suas capelas, portanto, não tinham torres nem sinos.

O primeiro pastor foi o Sr. Erdmann Wolfram, que era leigo e fora indicado pela comunidade para assumir as funções pastorais, e o primeiro Presidente foi o Sr. Phillip van Normann, um dos responsáveis pela construção do Theatro São Pedro, em 1858, e primeiro professor da Comunidade.

Em 1º de março de 1824 receberam, do Barão de Muritiba (Presidente da Província), a licença para celebrar as cerimônias do seu rito. Este documento é considerado a Certidão de Batismo da Igreja Evangélica na cidade.

O primeiro local de encontro das famílias foi numa casa localizada na Rua Nova da Praia, atual Avenida Sete de Setembro. Em 08 de janeiro de 1865, num terreno adquirido na Rua Senhor dos Passos, foi inaugurada a Igreja.

Em 1913 foi criada a Paróquia da Paz, à Av. Brasil nº 82, no Bairro Navegantes e, em 6 de agosto de 1916, foi inaugurada a Igreja da Paz, na Avenida Sertório. Em 1914, passou a fazer parte desta Paróquia o Pastor Karl Eduard Gottshald, que exerceu grande influência na Comunidade Evangélica.

Nessa época, havia um forte comprometimento das lideranças em projetos que necessariamente teriam que ser enfrentados em conjunto. Um deles foi o Hospital Moinhos de Vento, cuja viabilização foi resultado da soma de forças da Comunidade Evangélica com diversas entidades. O Hospital foi inaugurado em 2 de outubro de 1927 e forças ativas da própria Comunidade assumiram sua manutenção e administração.

Em 1931, foi criada a Escola Evangélica no Bairro Higienópolis, atual Centro de Ensino Médio Pastor Dohms e, em 1936, foi inaugurada a Igreja Martin Luther, no mesmo bairro.

Com a sucessão da Segunda Guerra Mundial, a comunidade alemã mudou o seu foco e passou a procurar uma identidade mais confessional do que étnica, tornando-se uma igreja brasileira. Passou a chamar-se Comunidade Evangélica de Porto Alegre – CEPA. Na década de 1950, iniciou um planejamento de expansão.

Em 1956, assumiu a presidência da CEPA o empresário Herbert Renner, que deu início ao processo de dinamização da CEPA até a inauguração da nova Igreja da Reconciliação e do Centro Evangélico, à Rua Senhor dos Passos, onde também está situada a sede nacional da Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil – IECLB, em julho de 1970.

Em 1956, foi fundada a Paróquia São Mateus, no Bairro Tristeza e em 1959, a Escola Dom Pedro (junto à Igreja Martin Luther) foi ampliada para Ginásio Pastor Dohms. Em 1963, começaram a ser implantados projetos de desenvolvimento social na periferia da cidade. Foram criados o Centro Social Matilde Renner e a Paróquia do Salvador, no Bairro Jardim Itatí, e o Centro Social João Kluwe Junior, com a Paróquia São Lucas, no Bairro Três Figueiras. Na década de 70, o trabalho social se expandiu para Alvorada, onde surgiram a Casa da Criança Alvorada e o Centro Social Piratini, e logo mais a Paróquia Maria Madalena. Também se expandiu para o Bairro da Glória, onde nasceu a Paróquia São Marcos. Nessa década, também se deu início à creche Bom Samaritano, em Viamão.

Na década de 80, houve uma mudança administrativa dentro da CEPA, passando por um período de descentralização das unidades, onde cada uma passou a ter uma certa autonomia. Contudo, a CEPA continuou a responder juridicamente por cada uma delas.

Em 2014, a CEPA passou por uma nova reformulação, permanecendo mantenedora das unidades escolares e centros sociais e as comunidades (paróquias) se tornaram associadas da Entidade.